ESP-SOL (2005-2008)

http://chirimoyo.ac.uma.es/espsol

Genoma España puso en marcha el Proyecto ESP-SOL de Genómica del Tomate con el objeto de identificar qué factores, genes y mecanismos están implicados en las características organolépticas del tomate, es decir, aquéllos que permitirán mejorar la calidad del fruto. Gracias a la puesta en marcha de este proyecto, España participará en el programa internacional para la secuenciación del genoma del tomate.

PRESUPUESTO TOTAL: 3.000.000 €
Genoma España	1.800.000 €
Federación Española de Asociaciones de Productores Exportadores de Frutas, Hortalizas, Flores y Plantas Vivas (FEPEX)	210.000 €
Caja Rural Intermediterránea, Sociedad Cooperativa de Crédito (CAJAMAR)	300.000 €
Consejería de Agricultura, Ganadería, Pesca y Alimentación del Gobierno de Canarias (Instituto Canario de Investigaciones Agrarias)	200.000 €
Instituto Andaluz de Investigación y Formación Agraria, Pesquera, Alimentaria y de la Producción Ecológica (IFAPA)	200.000 €
Fundación Séneca, Agencia Regional de Ciencia y Tecnología	164.290 €
Fundación D. Antonio y Doña Sebastiana Manrique de Lara	90.000 €
Oryzon Genomics (en especie)	250.000 €

PARTICIPACIÓN
Investigadores	46
Grupos de investigación	10
Instituciones públicas	9
Empresas	2

Objetivos del proyecto

1. Identificar los genes de tomate o regiones génicas asociadas a rasgos de la calidad del fruto.
2. Valoración de los mecanismos que determinan rasgos de la calidad del fruto mediante la generación, identificación y caracterización de plantas de tomate afectadas con esos rasgos/ genes.
3. Contribuir a la Iniciativa Internacional de Secuenciación con la participación en la secuenciación de las regiones eucromáticas del cromosoma 9.

Resultados más importantes alcanzados

• Fenotipado exhaustivo de la población RIL para caracteres de calidad: glucosa, fructosa, sacarosa, ácido málico, ácido cítrico, vitamina C, vitamina E, ß-caroteno, licopeno, volátiles, TSS y TA. Constituye una de las poblaciones mejor caracterizadas y podrá utilizarse para rastreos de nuevos caracteres.
• Conocimiento, respecto de los caracteres estudiados, del comportamiento agronómico y la correlación entre los caracteres de la población RIL. Se dispone de información para valorar la relevancia de las asociaciones detectadas.
• Mapa genético denso con más de 300 marcadores de varios tipos incorporando a los marcadores de ADN descritos previamente, otros nuevos (SSRs, CAPs, SNPs).
• Mapa de QTLs de metabolito para programas de mejora asistida por marcadores.
• Mapa de QTLs de expresión para la asociación de genes con rasgos de calidad.
• Listado de genes candidato para caracteres de calidad y validación por medio de microarrays.
• Protocolos de purificación de protoplastos y análisis diferencial del proteoma del cromoplasto, órgano dónde se acumulan muchos metabolitos asociados a calidad de fruto.
• Generación de una población mutagenizada químicamente de tomate Moneymaker para identificación de mutantes, con tecnología Orysamf, en genes de interés.
• Pooles de DNA para rastreos genéticos.
• Más de 8,9Mb secuenciados correspondientes a regiones eucromáticas del cromosoma 9 participando en el proyecto internacional de secuenciación del tomate. La anotación genómica de datos está integrada dentro del consorcio internacional.
• Desarrollo de una robusta plataforma bioinformática en un portal Web que constituye una base de datos integrados del proyecto. Contiene información fenotípica y genotípica de la población RIL, marcadores, mapas, datos de microarrays, herramientas de procesamiento de datos, etc.

Indicadores de éxito

Artículos publicados	13
Difusión (revistas, periódicos, etc.)	81
Patentes	2
Líneas RILs mapeadas	169
Número de marcadores utilizados para mapeo	>300
Número de metabolitos analizados en la población	66
Genes candidatos	> 200

Instituciones que han participado en el proyecto ESP-SOL están realizando perfiles metabólicos para diferentes instituciones públicas y para la industria de tomate. La experiencia adquirida en la secuenciación del cromosoma 9 de tomate está permitiendo dar este tipo de servicio a otros proyectos de instituciones públicas y privadas.

Contacto

Dr. Antonio Granell
Coordinador del Proyecto
Instituto de Biología Molecular y Celular de Plantas "Primo Yúfera" (IBMCP-CSIC)
Avenida de los Naranjos s/n Laboratorio 13
46022 Valencia, SPAIN
TEL: +34 96 387 86 32
FAX: +34 96 387 78 73
agranell@ibmcp.upv.es